II. Bayezid Külliyesi 1481-1486 yılları arasında, Amasya Valisi Şehzade Ahmet tarafından babası Sultan II. Bayezid adına yaptırılmıştır. Cami, medrese, imaret ve şadırvandan oluşan bir külliye olarak yaptırılan yapının mimarı Şemseddin Ahmet’tir. Caminin güneydoğu köşesinde bulunan, Şehzade Ahmet’in küçük yaşta ölen oğlu Şehzade Osman’a ait türbe yapıya sonradan klenmiştir. Yan mekanlı, ya da zaviyeli cami mimarisinin en güzel örneklerinden biri olan cami, ortada büyük bir kemerle ayrılan iki kare mekanla, doğu ve batı yanlarda üçer kubbeli yan mekanlardan oluşur. Orta mekanı, sekizgen kasnaklarında 16’şar pencere bulunan iki büyük kubbe örter. Kubbe içi ve pencere kemerlerinin üzeri zengin kalem işleri ile süslenmiştir. Ahşap pencere kanatları, 15. yy. ahşap kündekari tekniğinin en güzel örneklerindendir. Kuzeydeki son cemaat yeri, altı yuvarlak mermer sütun üzerine oturan beş sivri kemerin taşıdığı beş kubbe ile örtülüdür. Son cemaat yerindeki pencere üstleri mavi beyaz çini panolarla süslenmiştir. Buranın iki ucunda yükselen tek şerefeli iki minareden soldakinin gövdesi dikine yivli, sağdakinin gövdesi ise zikzak taş dekorludur. Caminin mukarnas süslemeli, ihtişamlı taç kapısı üzerindeki üç satırlık mermer kitabesini Hattat Şeyh Hamdullah yazmıştır. Avlu ortasında yer alan 12 kenarlı şadırvan, 12 sütunun taşıdığı, 12 yüzlü sivri piramit bir çatıyla örtülüdür. Caminin batı yönünde “U” planlı medrese bulunur. Külliyeyi çevreleyen avlunun batı duvarına bitişik olarak inşa edilmiş olan medrese, ortada genişçe bir avlu, avlunun etrafında kubbeli revaklar ve bunların arkasındaki öğrenci hücrelerinden oluşur. Kuzeydeki giriş kapısının karşısında, sekizgen kasnaklı bir kubbeyle örtülü, kare planlı dersane vardır. Evliya Çelebi’nin Amasya’da bulunan on medreseden en süslü ve en bakımlısı olarak anlattığı Sultaniye Medresesi, 1922 yılından beri İl Halk Kütüphanesi olarak kullanılmaktadır. “L” planlı İmaret ise caminin doğusundadır. İmaret’in dikdörtgen olan asıl mekanlarının üzeri tonozlarla örtülüdür. Bu mekanların önünde, İmaret’in camiye bakan yüzlerinde küçük kubbelerle örtülü revaklar bulunur. İmarethane’nin büyük dikdörtgen salonu bugün Maket Amasya Müzesi’ne ev sahipliği yapmaktadır. Caminin kuzeybatısında, Medrese’ye yakın bir yerde bulunan tek katlı, kare planlı küçük yapı ise güneşin konumuna göre namaz vakitlerinin belirlendiği muvakkithanedir. İç mekan duvarları ve tavanı kalem işi bezemelerle süslü muvakkithanenin kuzey ve güney cephelerinde bulunan pencerelerinin çevresinde de kalem işleri bulunmaktadır. Muvakkithane 1842 yılında Hacı Hüseyin Efendi tarafından yaptırılmıştır. Caminin önünde, şadırvanın iki yanında bulunan çınar ağaçları ise caminin inşaatı sırasında buraya dikilmişler, 500 yılı aşkın bir zamandır cami bahçesine gölgelerini düşürmektedir.