Kızlar Sarayı, Hatuniye Mahahallesi'nin olarak bilinene İç Kale'nin üzerinde ve Helenistik Çağda Mitradat (Pontus) Krallığına yakalaşık 250 yıl başkentlik yapmış olan Amasya'da bu krallığın sarayları ile beş adet kaya mezarları ve kralı mezarlıklarının bulunduğu bu bölge içerisinde; Helenistik Çağ, Roma, Bizans Dönemleri ile Orta Çağ sur duvarları bulunmaktadır. Son yıllarda bölgede yapılan arkeolojik kazılarda; Roma, Doğu Roma (Bizans) ve Selçuklu ve Osmanlı yapı harabeleri açığa çıkarılmaktadır. 1146 yılında Selçuklu Sultanı I. Mesud bu bölgede bir cami, medrese hamam ve saray yaptırmış bölgedeki hamamlar halen ayakta olup gezilebilmektedir. I. Mesud yaşamının bu sarayda sürdürmüştür. Osmanlı döneminde 15.yüzyılda II. Bayezid'ın Kapuağası Firuz Ağa tarafında yapılmış bir haremi (Kızlar Sarayı) ile 16. yüzyılda İsfendiyar Çelebini oturduğu bir saray bulunmaktadır. Kızlar Sarayı, 150 yıldan uzun bir süre Osmanlı şehzadelerine, hatunlarına ve valilerine mekan olmuştur. 1852 yılına kadar faal bir biçimde hizmet vermiştir. Bu tarihten sonra Amasya ayanına terk edilen saray bir süre sonra kendi kaderine bırakılmıştır. Bugün tamamen harap durumdadır