Amasra’nın 1460 yılında, Fatih Sultan Mehmet tarafından fethi sırasında camiye çevrilen yapı, 9. yüzyılda Amasra Kalesi içerisinde yapılmış eski bir Bizans Kilisesidir. Dönemin tüm yapı özelliklerini taşıyan yapının Narthex (İlk Cemaat) bölümü ile Ambon (Apsis) çıkıntısı sonradan mekana katılmıştır. 1887 yılında mekanı örten ve yıkılma tehlikesi gösteren beşik tonoz çatı kaldırılmış, yerine ahşap tavan ve çatı yapılarak büyük bir onarımdan geçirilmiştir.

Fatih Camii’nde her Cuma ve Bayram namazlarında hutbenin kılıç çekilerek okunması geleneği yaşatılmaya devam ediyor.