Nakibzade Medresesi, Ulu Cami doğusunda bugün ayakta olmayan Eyyubi Medresesi’nin yerine inşa edilmiştir. Yapı üzerindeki kitabeye göre; 1781 (H.1196) yılında Nakibzade Hacı İbrahim Efendi tarafından yaptırılmıştır. Medrese; 1876 (H.1293) yılında onarım görmüştür. Cumhuriyetten sonra Atatürk İlkokulu, sonra Vakıflar Şube Müdürlüğü olarak kullanılmıştır. 2010-2011 yıllarında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından onarılmıştır.(Kaynak: "Kültür ve İnançlar Diyarı Şanlıurfa" Şanlıurfa Valiliği İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü Yayınları Şehir Kitaplığı Dizisi:26)