Başta bugünkü şehrin merkezi olmak üzere Kızılırmak vadisi, Kavak, Tekkeköy, Çarşamba ovasında eski çağlardan beri çeşitli insan toplulukları ve kültürlerinin izleri vardır.
Samsun İli sınırları içerisinde devlet kurarak yaşayan en eski topluluk Gaşkalar’dır. (MÖ 5000-3500) Bilinen bu ilk medeniyeti takiben bütün Kuzey Anadolu’ya hâkim olan Paflagonlar Kızılırmak Havzasında yaşamışlardır. (MÖ 3000-1100) Hititler kutsal kentleri Nerik’i burada kurmuşlardır. (MÖ 2000-1200) Frigyalılar, (MÖ 1182-MÖ 676) Kimmerler, (MÖ 676), Lidyalılar (MÖ 1200-547 bugün Kara Samsun adıyla isimlendirilen yere ENETE adında bir site kurmuşlardır.) Miletliler (İyonya) (MÖ 2000- MÖ 400) Egeden Karadeniz yoluyla ENETE’ye yerleşerek “Amisus” veya “Amisos” ismini vermişlerdir. Perslerin (MÖ 550-330) Lidya Kralı Krezus’u yenmeleri sonunda MÖ 546 Amisos, Pers İmparatorluğunun eline geçmiştir. MÖ 331 yılında Büyük İskender’in Persleri yenmesi sonucu Makedonya İmparatorluğu eline geçen Amisos, İskender’in ölümüyle Pers kökenli Pont Krallığı (MÖ 255-63) kurulmuştur. Amisos Pont Krallığının başkenti oldu. Daha sonra MÖ 1. yy da Roma İmparatorluğu hâkimiyetine giren Amisos MS 385 yılında Roma İmparatorluğu’nun ikiye ayrılmasıyla Bizans İmparatorluğu’nun sınırları içerisinde kaldı. Amisos MS 860 yılında Abbasiler zamanında halife Mutasım’ın emriyle Malatyalı Korkunç Ömer komutasındaki kuvvetler tarafından ele geçirilmiş ise de Bizanslılar tarafından tekrar geri alınmıştır.
Türklerin Anadolu’ya girmesiyle birlikte Danişmentliler tarafından Samsun kuşatılmış fakat alınamamıştır. Anadolu Selçukluları zamanında Samsun’un Müslüman yerleşim yerleri 1185 yılında Anadolu Selçuklu hâkimiyetine geçmiştir. İlk defa Amisos ismi Selçuklular tarafından Samsun olarak değiştirilerek kullanılmaya başlanılmıştır. 1389 yılında da Yıldırım Beyazıt zamanında Osmanlı topraklarına katılmıştır. Anadolu Selçuklu Devleti çökerken Canik Beyliğine de başkentlik yapmıştır. (Samsun 2013, 2013, s. 20)
Strabon, Geographika adlı eserinde Samsun’un Sinop’tan gelen Miletoslular tarafından kurulduğunu, üç kez el değiştirdiğini ve yaşadığı çağda kentin iyi teşkilatlanmış durumda, önemli bir kent olduğunu belirtmektedir.
Samsun ve çevresi 4. Yüzyıldan 9. Yüzyılın sonuna kadar Bizanslılar ile Araplar arasında sürekli el değiştirmiş, 1072 yılında ise Türkmenlerin eline geçmiştir. Kısa bir süre sonra yeniden Bizans hâkimiyetine giren kent, 1074 yılından itibaren Selçuklu Sultanı Süleyman Şah’a bağlı olan Danişmentlilerin akınlarına maruz kalmış ve bölgenin büyük bir bölümü Melik Danişment Gazi’nin ölümünün ardından ele geçirilmiştir. 1081 yılına gelindiğinde söz konusu akınlar daha da şiddetlenmiştir. 1084 yılında, antik adıyla Amisos hariç bölgenin tümü fethedilmiştir. Amisos’un Bizans valisi kenti teslim etmemek için uzun süre direnmiş ve başarılı olmuştur.
Danişmentliler kenti ele geçiremeyince Amisos’tan çok da uzakta olmayan, “Bir ok atımı uzaklıkta” bir mevkide, bugün Kale Mahallesi olarak bilen yerde yeni bir şehir kurmaya başladılar. Bu yeni yere yerleşen halk, eski yerleşim birimini kâfir olarak sıfatlandırmıştır. Bu iki kent bir süre sonra ticari ilişkiler kurmuşlar ve bu ilişki giderek güçlenmeye başlamıştır.
Selçuklu egemenliğinin zayıf olduğu Sultan Mesut döneminde diğer beyliklere nazaran daha da güçlenen Danişmentiler, 1143 yılında ortaya çıkan saltanat kavgaları sırasında güç kaybetmeye başlamıştır. 1178 yılında ise Sultan 2. Kılıç Arslan, bu beyliğin bölgedeki egemenliğine son vermiştir. Kâfir Samsun, yani Amisos ise Selçuklu himayesi altına girmiştir. Selçuklu hâkimiyetindeki bölge zaman zaman Bizans donanmalarının saldırılarına da maruz kalmıştır. Bu saldırılardan en kötüsü ise 2. Süleyman Şah döneminde 3. Aleksios’un emriyle gerçekleştirilen baskındır.
Cenevizlilerin ise Samsun’a kesin olarak ne zaman yerleştikleri belirlenememiştir. 1351 tarihli bir haritada Samsun’un Simisso adıyla gösterilmiş ve Ceneviz bayrağı ile resmedilmiştir. Samsun her ne kadar Sinop limanının gölgesinde kalsa da canlı bir ticaret limanına sahiptir. Ayrıca limanın kullanım alanının geniş olması Samsun Limanının önemini artırmıştır. Önemli bir liman kenti olan Amisos surlarla çevriliydi ve kentte Cenevizlilerin Podesta unvanı vererek atadıkları bir yönetici bulunuyordu. Ayrıca tersane ve gemicilik faaliyetleri açısından Müslüman Samsun sakinleri, Amisosluların deneyimlerinden yararlanıyorlardı. Önemli bir ticaret merkezi olan Amisos Limanından Karadeniz ticaretiyle ilgilenmeye başlayan Selçuklular da yararlanıyorlardı. Cenevizliler, Müslüman Samsun’un tüccarlarından çeşitli kumaşlar, halılar, madenler gibi ticari mallar aldıkları gibi Samsun Limanı’na gelen Ceneviz mallarını da yine bu Müslüman tüccarlar aracılığıyla Anadolu içlerine pazarlıyorlardı.
14. yüzyılın ortalarında Müslüman Samsun ve çevresi Eretna Beyliği’nin egemenliği altındaydı. Gıyaseddin Mehmet döneminde beyliğin hâkimiyetinin zayıflamasıyla Kubadoğulları bölgenin yönetimini ele geçirdi. 1398 yılında Kubadoğlu Cüneyt ise Yıldırım Bayezid’e herhangi bir şekilde direnmeden şehri terk etti. Ardından Samsun ve çevresi yönetimi de Bulgar Çarı Şişman’ın Müslüman olan oğlu Aleksandır’a verildi. Osmanlılar bu sırada Ceneviz kolonisi olan Kâfir Samsun’a dokunmadılar.
1404 yılında Bayezid’in oğlu Süleyman Çelebi’nin hâkimiyetinde bulunan Samsun bir süre sonra Candaroğulları’nın eline geçmiştir. Bayezid’in Ankara’da yenilgisinin ardından yöre Timur’un ordusu tarafından tahrip edildiyse de şehrin Ceneviz hâkimiyetindeki kısmı ayakta kalmıştır.
1419 yılında çıkan bir yangınla Kâfir Samsun tamamen yanmıştır. Bu sırada bölge tamamen boşaltılmıştır. Kâfir Samsun’un boşaldığı haberini alan Mehmet Çelebi, Rum Beylerbeyi Biçeroğlu Hamza Bey’i Samsun’un alınmasıyla görevlendirmiş, yangın sonrası büyük bir oranda boşalan şehir herhangi bir zorlukla karşılaşılmadan teslim alınmıştır.
1428’den itibaren Osmanlı yönetiminde kalan kentte Müslüman Samsun’u çevreleyen kalenin surları da ne yazık ki günümüze kadar ulaşmamıştır. Surların kalıntıları 1870 yılında şehrin yeniden inşası sırasında yıkılmıştır.
Çöküş Dönemi olarak adlandırılan son dönemlerinde Osmanlı Devleti iyice zayıflayınca topraklarının büyük bir bölümü yabancıların egemenliğine geçmiştir. 19 Mayıs 1919 Pazartesi günü Samsun’a ayak basan Mustafa Kemal Paşa, 20 Mayıs’ta Sadaret Makamına bir telgraf çekerek kesin ve net bir şekilde Anadolu’da bir ulusal mücadelenin başlayacağını şöyle bildirmiştir: “Ne millet ve ne ordu, varlığına karşı yapılan bu haksız tecavüzü sindirmeyecek ve kabul etmeyecektir.”
Samsun ve civarının asayişi ile ilgili olarak görevlendirilen Mustafa Kemal, Samsun’dan İstanbul’a gönderdiği raporlarda Türk ulusunun ve Türk vatanının bütün olarak kurtuluşundan bahsetmiş, bu kurtuluş için de ulusun azim ve kararına güvenmek gerektiğini belirtmiştir.
Samsun’un İngiliz işgalinde olması, şehirde Rum çetelerinin ve silahlı adamlarının varlığı, çok sayıda yabancı kontrol subayı ve memurlarıyla İngiliz gizli servis ajanlarının bulunması nedeniyle 25 Mayısta Havza’ya geçerek kurtuluş mücadelesi için planlarını buradan sürdürmüştür. (Kaynak: Samsun Güneşin Doğduğu Şehir, Samsun İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü, 2012 s. 14)