Tokat, kent adının kökeni konusunda çok sayıda rivayet bulunmaktadır. Bazı çalışmalarda Tokat’ın Togayıt Türkleri tarafından kurulduğu ve şehrin isminin bu topluluğa dayandığı öne sürülmüştür. Ali Cevat ve İ.Hakkı Uzunçarşılı gibi kimi tarihçiler, şehrin adının Tok-kat yani surlu şehir özelliğinden geldiğini savunmuşlardır. Bir başka görüşe göre ise, şehir adını Tok-at yani besili attan almıştır.
Komana Pontika, Pontus Galatikus, Pontus Polemonniakus, Evdoxia, Dokia sözcükleri İ.Ö. 4. yüzyıldan başlayarak Pers, Helenistik, Roma ve Bizans devirleri boyunca varlığını sürdüren tarihsel kent Tokat ve çevresinin kayda geçen en eski adlarıdır.
Paul Wittek, Tokat’ın Bizans şehirlerinden Dokeia olduğunu ileri sürmüş ve çeşitli örneklerle bunu ispatlamaya çalışmıştır. Tokat kelimesi üzerine bir bildiri kaleme alan Sargon Erdem de Paul Wittek’in bu görüşünü desteklemiştir. Erdem, Dokeia kent adının çanak memleket anlamına geldiğinin söylenebileceğini, “etrafını çevreleyen dağlar arasında, gerçek bir çanak görünümünde olan ve devamlı surette içine su dolmak yani sel gelmek tehdidi altında yaşayan bu memleket için verilebilecek en uygun ismin” de bu olduğunu belirtmiştir.
Bugünkü şehir merkezinin 9 km. kuzey doğusundaki Gümenek, (Komana) Tokat’ın ilk yerleşim yeri olarak kabul edilmektedir. Tarih öncesi çağlara ilişkin, bilim adamları tarafından yapılan araştırmalar neticesinde ortaya çıkarılan eserler, Kalkolitik ve Tunç Çağlarında Tokat çevresinde yerleşimin olduğunu göstermektedir.
Daha sonraki tarihi süreçte, Tokat’a sırasıyla Hititler, Firigler, Kimmerler, İskitler, Medler, Persler ve Makedonlar hâkim olmuştur. M.Ö. 301 - M.S. 66 yılları arasında Pontus Krallığı’nın hâkimiyet sahasına giren Tokat, M.S. 66’dan M.S. 395’e kadar Roma hâkimiyetinde kalmıştır. Roma sonrası Bizans’ın hâkimiyet alanına giren Tokat’a, Emevi ve Abbasi'ler tarafından akınlar yapılmıştır.
1071 Malazgirt Zaferi sonrasında ise, Anadolu’da başarılı komutanlar tarafından fetihler yapılmış ve bu komutanlardan Danişmend Gazi 11. yüzyılda, Tokat ve çevresini fethederek bu bölgede Türk-İslam kültürünün yerleşmesini sağlayacak olan Danişmendli Devleti’ni Niksar merkez olmak üzere kurmuştur. Danişmendlilerden sonra 12. yüzyılda, Anadolu Selçuklu Devleti’nin hâkimiyet sahası içerişinde yer almış olan Tokat, Anadolu Selçuklu Devleti’nden sonra bazı beyliklerin sınırlarına dâhil edilmiştir. Bu dönemde eğitim ve kültür faaliyetleri hız kazanmış ve bu doğrultuda meydana getirilen mimari eserlerden bazıları günümüze kadar ulaşmıştır.
1240 Baba İshak Ayaklanması’ndan etkilenen yörede, 1243’ten sonra sırasıyla, Moğol, İlhanlı, Eratna Beyliği, Kadı Burhanettin Devleti ve Akkoyunlular hüküm sürmüştür.
Tokat, 1398 yılında Yıldırım Bayezid döneminde Osmanlı Devleti topraklarına dâhil edilmiştir. Fatih Sultan Mehmed ve Yavuz Sultan Selim, doğu seferlerine giderken Tokat’a uğramışlar ve kentte bir müddet konaklamışlardır. 1473’de Akkoyunlu Hükümdarı Uzun Hasan Tokat’ı yaktırmıştır. 1507’de şehir Şah İsmail tarafından kuşatılmış ancak teslim olmamıştır. II. Bayezid zamanında başlayan ve Yavuz’un son yıllarına kadar süren Celali Ayaklanmaları'nın ilk dalgasından Tokat büyük ölçüde etkilenmiştir. Hatta, Celali İsyanlarına esin kaynağı olan ve isyanlara adını veren Celal, Turhal’lıdır. İran seferi dönüşünde Kanuni Sultan Süleyman 1559’da Tokat’a uğramıştır.
Osmanlı Döneminde Sivas Eyaleti’ne bağlı bir kaza olarak idare edilen Tokat, bu statüsünü XIX. yüzyılın son çeyreğine kadar sürdürmüştür. Ticaret yolu üzerinde bulunmasının da büyük etkisiyle XVII. ve XVIII. yüzyıllarda gelişme gösteren Tokat, XIX. yüzyılda iç ve dış sebeplerden dolayı bu gelişimini sürdürememiştir. 1701’de İstanbul’dan Karadeniz yoluyla Erzurum’a giden ve oradan kervanla 28 Eylül’de Tokat’a ulaşan Joseph de Tournefort daha sonra basılan seyahatnamesinde Tokat için şu cümleleri sarf etmiştir: “Dünyada, bu kentinki kadar özel bir konuma sahip başka bir kent yok. Hatta çok ürkütücü, dimdik ve dümdüz yontulmuş iki mermer kayayı bile boş bırakmamışlar ve her birinin tepesine birer kale yapmışlar. Tokat’ın sokakları oldukça iyi kaldırımlanmış. Sanırım varlıklılar, fırtınalar sırasında yağmur sularının evlerinin bodrumlarına dolmaması için kaldırımları yapmak zorunda kalmışlar ve sokaklarda akan sular için arklar açtırmışlar. Kentin üzerinde yer aldığı tepelerde o kadar su kaynağı var ki her evin kendi çeşmesi var…”
XIX. yüzyılda yapılan idari düzenlemeler neticesinde, Sivas Vilayeti Merkez Sancağı’na bağlı bir kaza olarak idare edilen Tokat, 12 Ocak 1880 tarihinde Sultan II. Abdülhamid’in iradesiyle sancak statüsüne çıkarılmış ve bazı kazaların da bu sancağa bağlanmasıyla söz konusu sancağın sınırları genişletilmiştir. Başlangıçta bu yeni sancağın kazaları Zile, Erbaa ve Niksar’dan ibaret iken 1326/1908’de Karahisar-ı Şarkî sancağına tabi İskefsir (Reşadiye)’in de ilavesiyle dört kazalı bir sancak haline gelmiştir. Tokat Sancağı, mevcut idari yapılanmasını 1920 yılına kadar sürdürmüştür.
Tokat Sancağı, 31 Mayıs 1920 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi İcra Vekillerinin aldığı bir kararla bağlı bulunduğu Sivas Vilayeti'nden ayrılarak müstakil vilayet haline getirilmiştir. 1944’te Artova ve Turhal, 1954’te Almus, 1987’de Pazar ve Yeşilyurt, 1990’da Sulusaray ve Başçiftlik ilçeleri kurulmuştur.
Kurtuluş Savaşı sırasında da Tokat’ta bazı dikkat çekici olaylar yaşanmıştır. Şehirde bir Müdafa-i Hukuk Cemiyeti kurularak halk Pontus eylemlerine karşı örgütlenmiştir. İzmir’in Yunanlarca işgali ilk kez, Niksar ilçesinde 20 Haziran 1919’da yapılan bir mitingle protesto edilmiştir.
26 Haziran 1919’da Atatürk Amasya’dan Sivas’a geçerken Tokat’a uğramış ve şehirde bir süre dinlenmiştir. İstanbul’un 16 Mart 1920’de İtilaflar tarafından işgalini protesto için Tokat’ta büyük bir miting tertip edilmiştir. 21 Kasım 1931’de Sivas gezisinin ardından Atatürk, Tokat’ı da ziyaret etmiştir.
ATATÜRK’ÜN TOKAT’A GELDİĞİ TARİHLER
1. 26 Haziran 1919 - 27 Haziran 1919
2. 17 Ekim 1919
3. 27 Ekim 1919 - 28 Ekim 1919
4. 25 Eylül 1924 - 27 Eylül 1924
5. 17 Eylül 1928
6. 21 Kasım 1930 - 22 Kasım 1930
Atatürk, Milli Mücadele yıllarında Tokat’a ilk geldiği 26 HAZİRAN 1919 tarihinde;
"TÜRK MİLLETİNDE GİZLİ BULUNAN BİRÇOK YETENEKLERİN, CEVHERLERİN İŞİ BAŞARMAYA YETERLİ OLDUĞUNU ANLADIM..."
“HİÇBİR MÜDAFA VASITASINA MALİK OLMASAK BİLE, DİŞİMİZ, TIRNAĞIMIZLA, ZAYIF VE DONANIMSIZ KOLUMUZLA, MÜCADELE EDEREK ŞEREF VE HAYSİYETİMİZİ, NAMUSUMUZU MÜDAFA ETMEYİ ZARURİ GÖRÜYORUM. TARİH, BİZE VATAN UĞRUNA CANINI, MALINI ESİRGEMEYEN MİLLETLERİN ASLA ÖLMEYECEĞİNİ, HALA YAŞADIKLARINI GÖSTERMEKTEDİR. BEN HAYATIMI, HİÇBİR ZAMAN MİLLETİMİZDEN ÜSTÜN GÖRMEDİM VE GÖRMEYECEĞİM. HER AN MEMLEKET İÇİN ŞEREFİMLE ÖLMEYE HAZIRIM...”
KEMAL ATATÜRK
27 HAZİRAN 1919